注：根据《国务院关于取消第一批行政审批项目的决定》（国发[2002]24号）本文中对社会力量向科研机构和高等学校资助研究开发经费税前扣除的审核自2002.11.1日起废止。
为了贯彻落实<中共中央 国务院关于加强技术创新,发展高科技,实现产业化的决定>(中发［1999］14号)的精神,鼓励技术创新和高新技术企业的发展,现对有关税收问题通知如下：
一,关于增值税【注：根据《财政部、国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》（财税[2011]100号）文件规定，此条款自2011.01.01日起废止。】
(一)一般纳税人销售其自行开发生产的计算机软件产品,可按法定17%的税率征收后,对实际税负超过6%的部分实行即征即退.
(二)属生产企业的小规模纳税人,生产销售计算机软件按6%的征收率计算缴纳增值税；属商业企业的小规模纳税人,销售计算机软件按4%的征收率计算缴纳增值税,并可由税务机关分别按不同的征收率代开增值税发票.
(三)对随同计算机网络,计算机硬件,机器设备等一并销售的软件产品,应当分别核算销售额.如果未分别核算或核算不清,按照计算机网络或计算机硬件以及机器设备等的适用税率征收增值税,不予退税.
(四)计算机软件产品是指记载有计算机程序及其有关文档的存储介质(包括软盘,硬盘,光盘等).对经过国家版权局注册登记,在销售时一并转让著作权,所有权的计算机软件征收营业税,不征收增值税.
二,关于营业税
(一)对单位和个人(包括外商投资企业,外商投资设立的研究开发中心,外国企业和外籍个人)从事技术转让,技术开发业务和与之相关的技术咨询,技术服务业务取得的收入,免征营业税.
技术转让是指转让者将其拥有的专利和非专利技术的所有权或使用权有偿转让他人的行为.
技术开发是指开发者接受他人委托,就新技术,新产品,新工艺或者新材料及其系统进行研究开发的行为.技术咨询是指就特定技术项目提供可行性论证,技术预测,专题技术调查,分析评价报告等.
与技术转让,技术开发相关的技术咨询,技术服务业务是指转让方(或受托方)根据技术转让或开发合同的规定,为帮助受让方(或委托方)掌握所转让(或委托开发)的技术,而提供的技术咨询,技术服务业务.且这部分技术咨询,服务的价款与技术转让(或开发)的价款是开在同一张发票上的.
(二)免征营业税的技术转让,开发的营业额为：
1?以图纸,资料等为载体提供已有技术或开发成果的,其免税营业额为向对方收取的全部价款和价外费用.
2?以样品,样机,设备等货物为载体提供已有技术或开发成果的,其免税营业额不包括货物的价值.对样品,样机,设备等货物,应当按有关规定征收增值税.转让方(或受托方)应分别反映货物的价值与技术转让,开发的价值,如果货物部分价格明显偏低,应按<中华人民共和国增值税暂行条例实施细则)第16条的规定,由主管税务机关核定计税价格.
3?提供生物技术时附带提供的微生物菌种母本和动,植物新品种,应包括在免征营业税的营业额内.但批量销售的微生物菌种,应当征收增值税.
(三)免税的审批程序
1?纳税人从事技术转让,开发业务申请免征营业税时,须持技术转让,开发的书面合同,到纳税人所在地省级科技主管部门进行认定,再持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明报当地省级主管税务机关审核.
外国企业和外籍个人从境外向中国境内转让技术需要免征营业税的,需提供技术转让或技术开发书面合同,纳税人或其授权人书面申请以及技术受让方所在地的省级科技主管部门审核意见证明,经省级税务主管机关审核后,层报国家税务总局批准.[编者注：此程序已有新规定，现执行---国税发（2004）80号]
2?在科技和税务部门审核批准以前,纳税人应当先按有关规定缴纳营业税,待科技,税务部门审核后,再从以后应纳的营业税款中抵交,如以后一年内未发生应纳营业税的行为,或其应纳税款不足以抵顶免税额的,纳税人可向负责征收的税务机关申请办理退税.
三,关于所得税
(一)对社会力量,包括企业单位(不含外商投资企业和外国企业),事业单位,社会团体,个人和个体工商户(下同),资助非关联的科研机构和高等学校研究开发新产品,新技术,新工艺所发生的研究开发经费,经主管税务机关审核确定,其资助支出可以全额在当年度应纳税所得额中扣除.当年度应纳税所得额不足抵扣的,不得结转抵扣.
非关联的科研机构和高等学校是指,不是资助企业所属或投资的,并且其科研成果不是唯一提供给资助企业的科研机构和高等学校.
企业向所属的科研机构和高等学校提供的研究开发经费资助支出,不实行抵扣应纳税所得额办法.
企业等社会力量向科研机构和高等学校资助研究开发经费,申请抵扣应纳税所得额时,须提供科研机构和高等学校开具的研究开发项目计划,资金收款证明及其他税务机关要求提供的相关资料,不能提供相关资料的,税务机关可不予受理.
(二)软件开发企业实际发放的工资总额,在计算应纳税所得额时准予扣除.
四,关于外商投资企业和外国企业所得税
外商投资企业和外国企业资助非关联科研机构和高等学校研究开发经费,参照<中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法>中有关捐赠的税务处理办法,可以在资助企业计算企业应纳税所得税额时全额扣除.
五,关于进出口税收
(一)对企业(包括外商投资企业,外国企业)为生产<国家高新技术产品目录>的产品而进口所需的自用设备及按照合同随设备进口的技术及配套件,备件,除按照国发［1997］37号文件规定<国内投资项目不予免税的进口商品目录>所列商品外,免征关税和进口环节增值税.
(二)对企业(包括外商投资企业,外国企业)引进属于<国家高新技术产品目录>所列的先进技术,按合同规定向境外支付的软件费,免征关税和进口环节增值税.
软件费是指进口货物的纳税义务人为在境内制造,使用,出版,发生或者播映该项货物的技术和内容,向境外卖方支付的专利费,商标费以及专有技术,计算机软件和资料等费用.
(三)对列入科技部,外经贸部<中国高新技术商品出口目录>的产品,凡出口退税率未达到征税率的,经国家税务总局核准,产品出口后,可按征税率及现行出口退税管理规定办理退税.
六,科研机构转制问题
(一)中央直属科研机构以及省,地(市)所属的科研机构转制后,自1999年至2003年5年内,免征企业所得税和科研开发自用土地的城镇土地使用税.
本条所指科研机构不包括：已经转制和已并入企业的科研机构,以及所有从事社会科学研究的科研机构.
(二)享受上述税收优惠政策的科研机构,需持转制变更后的企业工商登记材料报当地主管税务机关,并按规定办理有关减免税手续.
七,本通知自1999年10月1日起开始执行.
