以低于债务计税成本的现金清偿债务
《企业债务重组业务所得税处理方法》（2003年国家税务总局第6号令）规定：债务重组业务中债权人对债务人的让步，包括以低于债务计税成本的现金、非现金资产偿还债务等，债务人应当将重组债务的计税成本与支付的现金金额或非现金资产的公允价值（包括与转让非现金资产相关的税费）的差额，确认为债务重组所得，计入企业当期的应纳税所得额，债权人应当将重组债权的计税成本与收到的现金或非现金资产的公允价值之间的差额，确认为当期的债务重组损失，冲减应纳税所得。这一规定，对债务重组产生的债务重组所得（或损失）的确认与新准则的规定一致。
以非现金资产清偿债务新《债务重组会计准则》强调了债务人处于财务困难的前提条件，并突出了债权人作出让步的实质条件。也就是说，债务人不处于财务困难条件的，处于清算或改组时的债务重组，以及虽修改了债务条件，但实质上债权人并未作出让步的债务重组事项都不属于债务重组。因此，债务人以非现金资产清偿债务不会出现债务重组损失或债务重组所得为零的情况。可以理解为：债务人以非现金资产清偿债务的计税依据，是非现金资产按公允价值的转让所得和债务重组所得之和。债权人接受非现金资产进行债务重组产生损失，因债权人接受的资产用途不同，计入成本时间和方法不同，纳税调整也不一样。
以债务转资本方式进行重组的计税依据
债务人以债务转换为资本清偿某项债务时，按新准则规定：债务人应当将债权放弃而享有股份的面值总额（或实收资本），股份的公允价值总额与股本（或实收资本）之间的差额确认为资本公积。重组债务的账面价值与股份的公允价值总额之间的差额，计入当期损益。《企业债务重组业务所得税处理办法》规定，债务人（企业）应当将重组债务的账面价值与债权人因放弃而享有的股权的公允价值的差额，确认为债务重组所得，计入当期应纳税所得。两者之间是统一的，即计税依据等于债务重组所得。
在这一方式的债务重组中，新准则规定：债权人应当将享有股份的公允价值确认为对债务人的投资，重组债权的账面余额与股份的公允价值之间的差额，计入当期损益。处理办法规定，债权人（企业）应当将享有的股权的公允价值确认为该项投资的计税成本。按照规定处理，重组债权的账面余额与投资计税成本差额即为债务重组损失，而投资计税成本在今后处置该项长期股权投资时，作为结转依据，确认股权处置所得。
修改条件债务重组的计税依据
新准则规定，修改其他债务条件的，债务人应当将修改其他债务条件后，债务的公允价值作为重组后债务的入账价值。重组债务的账面价值与重组后债务的入账价值之间的差额，计入当期损益。若涉及或有应付金额，且符合有关预计负债确认条件的，债务人应当将该或有应付金额确认为预计负债。重组债务的账面价值，与重组后债务的入账价值和预计负债金额之和的差额，计入当期损益。债权人应当将修改其他债务条件后债权的公允价值作为重组后债权的账面价值，重组债权的账面余额与重组后债权的账面价值之间的差额，比照新准则第九条的规定处理，若涉及或有应收金额，债权人不确认或有应收金额，不得将其计入重组后债权的账面价值。
《企业债务重组业务所得税处理办法》规定，以修改其他债务条件进行债务重组的，债务人应当将重组债务的计税成本减计至将来应付金额，减记的金额确认为当期的债务重组所得。债权人应当将债权的计税成本减计至将来的应收金额，减计的金额，确认为当期的债务重组损失。
以这种方式进行债务重组时，对债务重组所得（或损失）金额的确认，新准则与处理办法相同，债务重组所得（或损失）等于新准予确认的当期损益。
混合债务重组的计税依据
新准则规定，混合债务重组其账务处理的原则是以现金，非现金资产，债务转为资本，修改条件的顺序分别确定各自的入账金额。因此，在进行纳税调整时，只需按相应的顺序按上述调整方法逐项进行调整。
关联方之间的债务重组的计税依据的确定
《企业债务重组业务所得税处理办法》规定，关联方之间发生的含有一方向另一方转移利润的让步条款的债务重组，有合理的经营需要，并符合以下条件的，经主管税务机关核准，可以分别按处理办法第一条至第五条的规定处理：1.经法院裁决同意的事项。2.有全体债权人同意的协议。3.经批准的国有企业债转股。
若不符合上述规定条件的关联方之间的含有让步条款的债务重组，原则上债权人不得确认重组损失，应当视为捐赠，债务人应当确认捐赠收入。按照《企业所得税暂行条例》及其实施细则、《企业所得税税前扣除办法》（国税发[2000]084号）相关规定，债权人对其让步金额，依据国税发[2003]45号文规定，并入当期应纳税所得，依法计算缴纳企业所得税。
如果债务人是债权人的股东，债权人所作的让步应当推定为企业对股东的分配，按照《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）的规定处理。即被投资企业分配给投资方企业的全部货币性资产和非货币性资产（包括被投资企业为投资方企业支付的与本身经营无关的任何费用），应全部视为被投资企业对投资方企业的分配支付额。凡投资方企业适用的所得税税率高于被投资企业适用的所得税税率的，除国家税收法规规定的定期减税、免税优惠以外，其取得的投资所得应按规定还原为税前收益后，并入投资企业的应纳税所得额，依法补缴企业所得税。
需要注意的是，纳税人因债务重组而发生的债务重组损失，属于财产损失，应按照2005年国家税务总局第13号令《企业财产损失所得税前扣除管理办法》的规定，报经税务机关批准后，才能税前扣除。
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