建议环保税开征初期 实行分级分类征管
环境保护税开征初期采取“分类登记、分级管理、重点监控”的征管模式，能够保证环保税在现有政策环境下的顺利开征。
不同于其他税种大多可以将收入、利润等财务和经营数据作为征管依据，环保税在纳税人识别、计税依据确定、风险识别和应对等各个环节都需要环保部门提供专业协助。因此，在环保税开征初期，环保部门配合环保税征管的专门机制难以建立的情况下，税收征管目的能否顺利达到，很大程度上取决于环保部门的排污监测能力能否满足税收征管的需要，以及税收征管流程设计能否契合目前环保部门排污许可、建设项目环境影响评价等管理制度。
环保税征管采取“分类登记、分级管理、重点监控”的方法，一方面能够结合环保部门现有的污染源管理方式，最大限度有效使用环保登记信息和监测数据，尽量减少环保税征管后续复核事项，不因为环保税开征大幅增加环保部门工作负担，保证现有征管力量投入下对税款的有效管控；另一方面可以减少税务机关参与排污专业判定、专业计量和自由裁量，避免专业性不足带来的征管风险，在环保税开征初期顺利实现可征、可管、可控。
纳税人分类登记
税务机关依据环保部门传递的排污单位信息进行纳税人识别，建立纳税人名册，并根据环保部门排污信息掌握程度、环境影响评价管理等级的不同，将环保税纳税人分为重点监控纳税人、一般监控纳税人和核定征收纳税人三类。
重点监控纳税人包括纳入环保部门国控、省控、市控重点污染源管理，以及已领取排污许可证的纳税人。在各地排污费结构中，该部分排污单位户数占比5%～10%，收费总额达80%以上，属于环保部门重点管理对象。该部分纳税人基础台账相对翔实，环保管理到位，监测数据齐全，税务机关能够通过环保部门数据共享的方式获取详细的排污登记信息，并据此完成税源信息登记。
一般监控纳税人包括重点监控纳税人以外的，建设项目环境影响以报告书、报告表管理的纳税人。对环保部门传递排污登记信息台账内容不完整的，由税务机关联合环保部门共同开展税源信息采集，并确定相关污染物的计算方法。采集内容应当包括建设项目设计能耗、原料耗材、主要产品、设计产量等信息。
核定征收纳税人包括建设项目环境影响以登记表管理的纳税人。符合税法规定以排污特征值系数计算排放量的纳税人，可以不作税源信息登记，或者进行简易登记。
实行分级管理
重点监控纳税人征管流程相对简单。按照环保重点污染源监测规范和排污许可管理监测规范，重点监控纳税人需实时或者定期向环保部门报送监测数据和排污许可执行台账。涉税信息共享后，环保部门传递的数据完全能够满足税务机关税款征收和信息比对的要求。重点监控纳税人按月计算应税污染物排放量，按季度完成环保税纳税申报；环保部门定期传递纳税人污染物排放数据；税务机关将纳税人申报数据与环保部门传递数据进行比对，比对不一致的，以环保部门传递的数据为准（或孰高原则）计算确定纳税人的应纳税额。
一般监控纳税人按照税源信息采集时确定的污染物排放计算方法，按月计算、并按季度申报环保税。计算方法一经确定的，不得随意变更。环保部门将掌握的纳税人排污数据和执法性监测数据上传至涉税信息共享平台，税务机关将纳税人申报数据与环保部门传递数据进行比对并处理同上。
核定征收纳税人实行简易申报模式。由税务机关会同环境保护主管部门核定污染物排放种类、数量和应纳税额，纳税人按照核定标准按季度或者按年申报。税务机关依据税收征管法要求，参照个体工商户核定管理的方式进行管理。在税源摸底阶段，要明确核定征收纳税人范围，对于只能适用核定征收模式但缺少特征值的行业，及时完成抽样测算，制定联合征收办法。
对一般监控纳税人实施重点监控
目前，对一般监控纳税人的环保管理要求相对较为宽松，环保部门的监督性监测、执法性监测大多无法覆盖或者监测频次较低，不能满足环保税按月计算、按季度申报的信息比对要求。由于强调纳税人的自行申报义务，税务机关在没有依据的情况下应当认可纳税人申报数据，如果缺乏相应的发现风险、防控风险措施，容易出现脱管、漏征等风险。
按照环保税法的要求，国务院环境保护主管部门应当规定排污系数、物料衡算方法并向社会公示。在方法按时出台并操作简便的情况下，税务机关可以在前期税源信息采集过程中确定一般监控纳税人排放污染物所适用的物料衡算或者排污系数，并根据行业数据整合形成风险比对模型。税务机关将纳税人申报数据导入风险比对模型，比对超过预警值的异常申报数据，依法提请环保部门复核。如果排污系数和物料衡算手册未能按时出台，可以将经过环保部门审核的建设项目环境影响报告书、报告表相关数据作为比对模型的数据来源。不同的是后者以建设项目而非排放口作为基本单位，操作起来更为复杂。
按照环保部排放许可证推进方案，今年上半年已完成火电、造纸行业第一批排污许可证的核发；陶瓷、印刷等13个行业第二批发证行业的技术规范进入编制阶段，将于2018年之后全面推开；“十三五”末，重点污染行业将全面施行排污许可。随着排污许可制度的逐步推进，一般监控纳税人的范围会逐步缩小，直至全部转为重点监控纳税人。
